miércoles, 23 de mayo de 2012

TAREA


EXPLIQUE: es posible que la maquinaria eucarionte de traducción (ribosomas, factores, enzimas, RNAt) puedan traducir el RNAm de una bacteria ?explique identificando los inconvenientes que encontrarías.

si es posible que la maquinaria eucarionte pueda traducir el RNAm de una bacteria ya que el proceso en eucariontes es un proceso más complejo, el ribosoma es más grande y la hebra de ARNm debe de ser mas grande y como la de la bacteria seria mas pequeña le facilitaría el proceso y seria mucho mas rápido siendo una hebra muy pequeña para un ribosoma mas grande, además de que sobrarían enzimas y factores  de traducción y en este proceso como en cualquier otro si resulta un producto o factor de mas si se podrá ,pero en cambio si falta un elemento necesario para el proceso pues sería un proceso incompleto y no se podría realizar.

viernes, 18 de mayo de 2012

7.4.1 MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES

La modificación postraduccional de una proteína es un cambio químico ocurrido en esta después de su síntesis proteica. Las modificaciones postraduccionales ocurren mediante cambios químicos de los aminoácidos que constituyen las proteínas y pueden ser de muchos tipos.





Modificaciones que añaden grupos funcionales

  • Acilación
  • Fosforilación
  • Metilación
  • Hidroxilación
  • Glucosilación
  • Sulfonilación
  • Prenilación
  • Glicación
  • Nitrosilación
  • Nitración

Modificaciones que enlazan proteínas

  • Sumoilación
  • Ubiquitinación: Consiste en la adición de la proteína ubiquitina a proteínas diana                                                                                                www.itescam.edu.mx/principal/sylabus/fpdb/recursos/r79527.PDF

miércoles, 16 de mayo de 2012

7.4 ETAPAS DE LA SINTESIS DE PROTEINAS EN ORGANISMOS EUCARIOTICOS

Eucariotas.

  Es más complicada por:
- Muchos más factores de iniciación.
- No hay secuencias de Shine-Dalgarno, la colocación es por otros procedimientos, el tRNA no tiene una zona complementaria.
- Metionina no formilada.

La metionina unida al tRNA iniciador es lo único que se une a sólo una de las dos subunidades en el sitio P mal definido. Reacciona con EIF2. El primer aminoácido (metionina) se une con EIF2, cuando el ribosoma tiene el primer aminoácido se une al mensajero. El mRNA en eucariotas tiene gorra 5´, es el punto de enganche de la subunidad pequeña que ya tiene el primer aminoácido. Se desliza por el mensajero hasta encontrar el codon de iniciación y se para porque el tiene el aminoacil-tRNA que establece interacciones. Implica gasto de ATP porque hay estructuras que deshacer, hay factores proteicos que ayudan a deslizarse. Al entrar la subunidad grande se sueltan los factores proteicos.

Elongación.

Formación de los enlaces peptídicos desde el segundo aminoácido hasta el C-terminal. Ribosoma ya preparado. Entra el segundo aminoácido en el sitio A (la metionina está en el P) y se forma enlace peptídico. el ribosoma se desplaza, en el sitio P estarán la metionina y el segundo y en el sitio A el tercero. La entrada en el sitio A depende del codon.

En procariotas y eucariotas es casi igual. Hay tres factores de elongación:
EF-TuEEF-1 α
EF-TsEEF-1βγ
EF-GEEF-2

Un aminoácido para entrar en el ribosoma ha de estar unido a un factor proteico (EF-Tu o EEF-1 α) llamado aminoacil-tRNA:

TRADUCCION

El factor proteico nunca une ni tRNA iniciador ni tRNA sin aminoácido. El tRNA seleccionado según complementariedad dl codon.
Sitio P:

TRADUCCION

Los aminoácidos unidos por el carboxilo. Para formar peptídico el carboxilo 1° + amino 2°. Implica transferencia porque el CO que está activado se transfiere al α -amino participando una peptidiltransferasa.

TRADUCCION

En el sitio A queda un dipéptido unido por el tRNA del segundo. En el P queda tRNA vacío que se sale pasando por el sitio E. No necesita factor proteico extra. El RNA grande de la subunidad grande es la peptidiltransferasa. Tiene actividad catalítica. Para unir el siguiente aminoácido en el sitio A el tercer codon ha de estar desocupado, por lo que el complejo se ha de mover 3 nucleótidos (traslocación). Requiere factor proteico G activado con GTP. El factor proteico G ha de salir para que entre otro aminoácido porque sólo ayuda a moverse. Para salir hidroliza GTP. Se disocia porque solapa el sitio de Tu. El factor Ts sirve para reciclar Tu reactivándolo. Los factores se pueden usar varias veces si hay energía.

Terminación

Implica la disociación del complejo ribosoma + tRNA + proteína nueva.. Cuando en el sitio A aparezca un codon de parada tras el C-terminal o sin sentido, la peptidiltransferasa en lugar de transferir el peptídico a otro aminoácido lo transfiere al agua, gracias a los factores proteicos RF ó ERF

7.3 ETAPAS DE LA SINTESIS EN ORG.PROCARIOTICOS

La síntesis de proteínas ocurre en los ribosomas que consisten en dos subunidades, una grande y una pequeña, cada una formada por rRNA y proteínas específicas. Para la síntesis de proteínas, también se requiere de moléculas de tRNA, que están plegadas en una estructura secundaria con forma de hoja de trébol. Estas moléculas pequeñas pueden llevar un aminoácido en un extremo y tienen un triplete de bases, el anticodón, en un asa central, en el extremo opuesto de la molécula. La molécula de tRNA es el adaptador que aparea el aminoácido correcto con cada codón de mRNA durante la síntesis de proteínas. Hay al menos un tipo de molécula de tRNA para cada tipo de aminoácido presente en las células. Las enzimas conocidas como aminoacil-tRNA sintetasas catalizan la unión de cada aminoácido a su molécula de tRNA específica.
En E. coli y otros procariotas, aun cuando el extremo 3' de una cadena de mRNA está siendo transcripto, se están uniendo ribosomas cerca de su extremo 5'. En el lugar donde la cadena de mRNA está en contacto con un ribosoma, se unen tRNAs temporalmente a la cadena de mRNA. Esta unión ocurre por apareamiento de bases complementarias entre el codón de mRNA y el anticodón de tRNA. Cada molécula de tRNA lleva el aminoácido específico requerido por el codón de mRNA, al cual se une el tRNA. Así, siguiendo la secuencia dictada originalmente por el DNA, las unidades de aminoácidos son alineadas una tras otra y, a medida que se forman los enlaces peptídicos entre ellas, se unen en una cadena polipeptídica.
Esquema general del flujo de información en procariotas y eucariotas: a) En procariotas, el RNA se transcribe a partir de una molécula de DNA circular y, a medida que ocurre la transcripción, se produce la traducción en el mismo compartimiento. b) En eucariotas, la transcripción ocurre en el núcleo y el RNA, luego de sufrir un procesamiento, se dirige al citoplasma donde se produce la síntesis de proteínas. Como se vio en el capítulo 5, algunas proteínas son sintetizadas en los ribosomas libres y otras en los que están adheridos al retículo endoplásmico.

                                 Tres etapas en la síntesis de proteínas en procariotas

                                             
La síntesis de proteínas ocurre en varias etapas: a) Iniciación. La subunidad ribosómica más pequeña se une al extremo 5' de una molécula de mRNA. La primera molécula de tRNA, que lleva el aminoácido modificado fMet, se acopla con el codón iniciador AUG de la molécula de mRNA. La subunidad ribosómica más grande se ubica en su lugar, el complejo tRNA-fMet ocupa el sitio P (peptídico). El sitio A (aminoacil) está vacante. El complejo de iniciación está completo ahora.

Un segundo tRNA, con su aminoácido unido, se coloca en el sitio A y su anticodón se acopla con el mRNA. Se forma un enlace peptídico entre los dos aminoácidos reunidos en el ribosoma. Al mismo tiempo, se rompe el enlace entre el primer aminoácido y su tRNA. El ribosoma se mueve a lo largo de la cadena de mRNA en una dirección 5' a 3', y el segundo tRNA, con el dipéptido unido, se mueve desde el sitio A al sitio P, a medida que el primer tRNA se desprende del ribosoma. Un tercer aminoacil-tRNA se coloca en el sitio A y se forma otro enlace peptídico. La cadena peptídica naciente siempre está unida al tRNA que se está moviendo del sitio A al sitio P y el tRNA entrante que lleva el siguiente aminoácido siempre ocupa el sitio A. Este paso se repite una y otra vez hasta que se completa el polipéptido.



Cuando el ribosoma alcanza un codón de terminación (en este ejemplo UGA), el polipéptido se escinde del último tRNA y el tRNA se desprende del sitio P. El sitio A es ocupado por un factor de liberación que produce la disociación de las dos subunidades del ribosoma.


















A partir del DNA cromosómico se transcriben: diferentes moléculas de rRNA que, combinadas con proteínas específicas, forman los ribosomas; los diferentes tipos de moléculas de tRNA correspondientes a los distintos aminoácidos y los mRNA, que llevan la información para la secuencia de aminoácidos de las proteínas. Cuando un mRNA se une a la subunidad menor del ribosoma, comienza el proceso de síntesis de proteínas.



7.4 EUCARIOTICO

EUCARIOTAS

El ribosoma eucariota (32 nm) es más grande que el de procariotas, por lo que las subunidades de estos son de mayor tamaño y contienen más proteínas que sus análogos procariotas. En Eucariotas el 'coeficiente de sedimentación' S de los ribosomas completos es 80S, el cual está dividido en 60S para la grande y 40S para la subunidad pequeña. La subunidad mayor 60S contiene tres RNA ribosómicos (rRNA): 28S rRNA, 5S y 5.8S y unas 50 proteínas La subunidad mayor está conformada por tres ARN ribosomales (ARNr) de 25S, 5.8S y 5S, y 46 proteínas; mientras que la subunidad menor está formado sólo por un ARNr de 18S y 33 proteínas. Esto hace que el ribosoma eucariota sea un 40% grande que el ribosoma procariota.

La subunidad pequeña tiene solo un rRNA 18S y 33 proteínas. Los ribosomas eucariotas son sintetizados y ensamblados en el nucleolo . La formación del ribosoma es un proceso de autoensamblaje secuencial a partir de los rRNAs y de las proteínas ribosomales.

Los ribosomas se distribuyen en la célula eucariota en dos localizaciones: aquellos que están libres para deambular en el citosol (ribosomas citosólicos), y aquellos que están unidos a las membranas del retículo endoplasmático, dándole un aspecto granular visto al microscopio electrónico llamado por ello retículo endoplasmático rugoso (RER) . Aunque los dos clases de ribosomas tienen un papel similar en la síntesis de proteínas, se diferencian por la situación del producto final de su síntesis.

Los ribosomas en el citoplasma permiten que sus proteínas vagen libremente por el citosol mientras los ribosomas unidos al RER transfieren sus proteínas al lumen de este compartimento membranoso o la membrana del mismo donde pueden permanecer insertadas como proteínas de membrana dentro de la Vía Secretora . Además de los citados ribosomas, existen en la célula eucariota otros ribosomas: los mitocondriales y en las célula vegetales tienen además los ribosomas cloroplásticos.




7.2.3 PROCARIOTICO


PROCARIOTAS

En un ribosoma 70S, las dos subunidades se enfrentan de tal manera que se crea un espacio de morfologia complejo , y es uniformemente estrecha cuando se tiene una vision lateral. En la subunidad 30S se distinguen la cabeza y cuerpo. Del cuerpo salen dos lobulos hacia arriba, denominados “plataforma” y “espalda”. A la hendidura que se forma entre la plataforma y la cabeza se la conoce por ser el     centro de decodificacion.

En bacterias, la subunidad 50S es aproximadamente dos veces la masa de la subunidad 30S, y en ambas, aproximadamente 2/3 de su peso se debe al ARNr mientras que el resto del peso es atribuible a la parte proteica del ribosoma.

La subunidad 30S tiene una forma mas o menos trapezoidal cuando se tiene una vista frontal desde la zona de interaccion de subunidades 


La subunidad 50S tiene una forma aproximadamente hemisferica enfrentada a la subunidad 30S por su lado liso. Desde la region de interaccion entre subunidades se distinguen 3 protuberancias: el tallo L7/L12 que se extiende a lo largo de su base, la protuberancia central y el tallo L1. El tallo L7/L12, formado por las proteinas dimericas L7/L12, a veces puede estar ausente en mapas de microscopia electronica debido a su elevada flexibilidad. La protuberancia central esta formada, en su mayor parte, por el ARNr 5S. Al contrario que el tallo L7/L12, el tallo L1 esta siempre bien definido, formado por la proteina ribosomal L1 y parte del ARNr.
 El espacio entre subunidades, por donde iran circulando los ARNt durante la traduccion. El ensamblaje se mantiene mediante diversos puentes que se crean entre subunidades. Existe un total de 12 puentes entre subunidades creados por mas de 30 interacciones individuales y la mayoria de ellos involucran contactos entre ARNr . Sin embargo, los puentes que se crean entre subunidades no confieren al ribosoma 70S una estructura totalmente rigida. La naturaleza dinamica del proceso de traduccion implica que el ribosoma sea una estructura flexible con componentes moviles que posibiliten su funcion.






www.argitalpenak.ehu.es/.../PATRICIA%20JULIAN%20TESIS.pdf

lunes, 14 de mayo de 2012

7.2.2 ESTRUCTURA RIBOSOMAL

RIBOSOMAS

Los ribosomas son los enzimas más complejos y de mayores dimensiones (aproximadamente 250Å de diámetro) que existen en la naturaleza. Están compuestos, incluso en los organismos más sencillos, de más de 50 proteínas distintas y ARNs que constituyen una masa por encima de los dos millones de daltons. Los ribosomas se componen de tres (en bacterias) o cuatro (en eucariotas) moléculas de ARNr y de tantas como 83 proteínas , organizadas en una subunidad mayor y en otra menor. Las subunidades ribosomales y las moléculas de ARNr se suelen designar en unidades Svedberg (S), una medida de la velocidad de sedimentación de partículas centrifugadas en condiciones estándares, de manera que en procariontes la subunidad menor se denomina 30S y la subunidad mayor 50S. 


La subunidad 30S contiene una molécula única de ARNr, denominada  ARNr 16S, mientras que la subunidad 50S contiene una molécula de 23S ARNr y otra 5S ARNr, La longitud de las moléculas de ARNr, la cantidad de proteínas en cada subunidad, y por consiguiente los tamaños de las subunidades son diferentes en células bacterianas y eucariotas. El ribosoma está constituido por el ensamblaje de las dos subunidades, que en eubacterias se denominan 70S y en eucariotas 80S. A pesar de que los ribosomas eucariotas contienen más componentes y son significativamente más grandes que los ribosomas procariotas, la apariencia general y el modus operandi es muy similar. La preservación de la función está unida con la conservación de su estructura general, y los ribosomas de organismos filogenéticamente tan lejanos como bacterias, arqueas y eucariotas muestran un grado remarcable de parecido.